Доход от продажи доли в уставном капитале ООО облагается НДФЛ по ставке 13% или 15 % - для налоговых резидентов России и 30% - для нерезидентов. Налоговые резиденты России, при этом имеют право на освобождение от налогообложения полученного дохода, только и если, на дату продажи доли в уставном капитале общества они непрерывно владели ею более пяти лет. При этом в отношении соответствующих доходов в части, превышающей 50 миллионов рублей за календарный год, участник не освобождается от уплаты налогов, даже если срок владение долей превышал 5 лет.

Если продавец доли не освобожден от обязанности исчислить и оплатить налог на доход от продажи доли, то по общему правилу доходы от реализации долей участия в уставном капитале организаций облагаются НДФЛ по соответствующей ставке. Именно продавец, а не общество обязан уплатить такой, в отличии от случая, когда обязанность лежит на самом обществе, например при выплате действительно стоимости доли.

Если участник владел долей в уставном капитале общества непрерывно в течении более 5 лет, при этом не имеет значение основания такого владения – учреждение общества и оплату уставного го капитал, дарение доли, купля-продажа или наследование, он имеет право на освобождение от уплаты налога.

Освобождение от НДФЛ не применяется в отношении соответствующих доходов налогоплательщика в части, превышающей 50 миллионов рублей за календарный год, даже если участник владел долей более 5 лет. То есть, освобождается только доходы суммой менее или равной 50 миллионов, в случае ее превышения, на размер такого превышения должен начисляться НДФЛ.

Согласно письму Минфина России от 09.07.2024 N 03-04-05/64224, при определении данного срока следует учитывать, что если в связи с выходом участника из ООО его доля перешла к обществу, то при восстановлении его как участника ООО и передаче ему доли в уставном капитале общества срок нахождения доли в его собственности не является непрерывным.
Ставка 13% (15%) применяется к совокупности налоговых баз, каждая из которых определяется отдельно. Помимо налоговой базы по доходам от продажи доли в уставном капитале ООО в расчет указанной совокупности входят иные налоговые базы, например по доходам от продажи имущества, по доходам в виде процентов по вкладам (остаткам на счетах) в банках, находящихся на территории РФ, и не входит налоговая база по доходам от долевого участия.

При этом налоговые резиденты РФ имеют право на имущественный налоговый вычет
Если доходы от продажи доли в ООО не освобождены от налогообложения, налогоплательщик должен задекларировать полученный доход. При этом необходимо подать налоговую декларацию 3-НДФЛ и уплатить налог самостоятельно - соответственно, в сроки не позднее 30 апреля и 15 июля года, следующего за годом продажи доли. Скрыть от налогового органа продажу долю не получится, данные о такой сделке поступает в налоговой орган автоматически.

При этом, для целей определения размера дохода при продажи доли в уставном капитале общества, понятие дохода налогоплательщика не совпадает и понятием цены сделки, которая определения в договоре, удостоверяемом нотариусом.